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以下是DNA序列,存储在window下F:perldata.txt里面:
下面是程序:下面是运行的结果:大家可能观察到有一个error的出现,这是为什么呢?
大家仔细看一看最上面的原始 DNA序列,用特殊颜色标记的,可以看到有一个V,所以会输出错误。
这里把DNA序列经过整合成一行,然后去除所有的空白字符以后,又把$DNA通过split函数变成了数组,然后进行统计,那有没有更好的办法呢?
其实perl里有一个函数,substr。
我们先来看一看这个函数的用法,substr是针对一个大字符串的操作符(The substr function works with only a part of a larger string )言外之意就是对一个很长的字符串,进行片段化处理,取其中的一部分。我们这里用到的就是这个特性。
$little_string =substr($large_string,$start_position,$length)
$小片段=substr($大片段,$你要截取的小片段的起始位置,$你要截取的长度)
我们这里为了统计DNA中各种碱基的数量,所以要处理的字符串是一个碱基,所以我们要把$length设置为1。这样才能够满足我们的需求。
下面我们把修改过的代码写下:
得到的结果如下:
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