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企业清算及归还资本金的方式有两种：一为产权转让方式，即将投资一方的投资，经清算后转让给另一方企业继续经营；另一种是完全解散方式，就是将全部财产变卖，将净收入分配给投资各方作为归还资本金。
企业的清算可暂设“清算损益”账户进行核算，借方登记清算过程中为进行清算工作而发生的各项支出，包括清算机构的开支，聘请会计师、律师的费用，财产处理损失等，贷方登记清算收益，包括财产变现收益等，差额转入“未分配利润”，最后将未分配利润按投资各方出资比例进行分配。
（一）产权转让的核算
产权转让可以以账面净值为依据，也可以以重估价值为依据。如果以重估价值为依据，在清算时应先调整财产价值，借记（或贷记）“存货”、“固定资产”账户，贷记“累计折旧”账户，贷记（或借记）“清算损益”账户。下一步的工作是将“清算损益”转入“未分配利润”；将“未分配利润”、“资本公积”、“盈余公积”账户，按各方出资比例转入“实收资本”账户；并将出让方应收的资本由受让方发还给出让方。举例说明如下：
［例］某联营公司解散时的实收资本1 元，其中甲、乙方各投资 元，资本公积 元，未分配利润 元，经过清算发生清算损失净额 元，清算后乙公司的股权转让给甲公司。
1．结转清算损失。
借：未分配利润 贷：清算损益
2．按出资比例将“资本公积”及“未分配利润”转入“实收资本”。
借：实收资本——甲方投资 5 ——乙方投资 5 资本公积 贷：未分配利润
3．由甲方将转让产权应得款项 元（ -5 ）支付给乙方，归还剩余资本金。
借：实收资本——乙方投资 贷：银行存款
企业存款不足，可由甲方投入现金，增加新的资本。
（二）完全解散的核算
企业完全解散应收回各种应收款项，偿付各项负债，变卖所有财产物资，最后将剩余的现金按出资比例分配给所有投资人。举例说明如下：
［例］某联营公司解散时的实收资本1 元，其中甲方、乙方各投资 元，资本公积 元，未分配利润 元。经过清算和变卖全部剩余资产净损失 元（其中包括清算费用、财产溢缺、变卖损失等），清算后将剩余资本归还给投资双方。
1．结转清算损失。
借：未分配利润 贷：清算损益
2．按出资比例将“资本公积”及“未分配利润”转入“实收资本”。
借：实收资本——甲方投资 ——乙方投资 资本公积 贷：未分配利润
3．归还各方剩余资本各 元（ - ）。
借：实收资本——甲方投资 ——乙方投资 贷：银行存款
资本金转让或偿还以后，清理工作即告结束。企业清算终了如果清算收益大于清算损失的部分，应依法缴纳所得税。股份有限公司应按优先股股份面值对优先股进行分配，分配后剩余部分按普通股股东的持股比例进行分配。中外合作企业按合同中约定在合作期内一方先行收回投资的，必须按照法律规定或合同约定承担企业的债务责任。在缴纳所得税前收回投资的，须报经主管财政机关审批。